通关一周目后，博士会主动前来寻找玩家。若图鉴已收录超过60种宝可梦，大木博士会将图鉴升级为全国图鉴模式。这是开启二周目的首要条件，未达标需先补全收录。升级后前往精灵联盟挑战四天王，会发现冰系天王科拿已离开，剧情由此转向七岛地区。
从枯叶市乘船抵达一岛，在精灵中心与NPC对话得知修复通信机器需要红宝石。前往灯火山，在右侧洞穴击败两名火箭队残党后获取红宝石。将其交还NPC可解锁彩虹通行证，允许玩家自由穿梭于七岛之间。二周目主线任务正式展开，需按顺序探索各岛屿并解决火箭队遗留问题。
在四岛科拿的住所右侧使用冲浪进入冰洞，利用踩踏冰块机制取得HM07攀瀑技能。随后在五岛空地击败火箭队成员，进入仓库需密码。六岛的标记森林深处存在变化洞穴，穿过森林后使用居合斩打开石门，按左、右、下顺序掉落洞穴可找到蓝宝石，但会被NPC夺走并留下仓库密码。返回五岛输入密码，击败仓库内的火箭队成员夺回蓝宝石。
将蓝宝石带回一岛交付，通信系统修复完成。七岛的训练师塔提供高强度对战，而山谷洞穴深处可遭遇70级超梦。二周目核心目标包括收服三神鸟、完成七岛支线以及挑战强化版四天王，其队伍等级提升至60级以上，需针对性调整战术。
整个流程需注意随时存档，尤其在遭遇神兽前。二周目地图复杂度显著增加，建议优先获取关键技能机如碎岩、闪光以解锁隐藏区域。宝可梦培养应侧重属性互补，应对多样化的敌人配置。
