想要开启口袋妖怪火红前往二之岛的任务，需要先击败红莲岛道馆馆主夏伯，跟随正辉前往一之岛，拿到三岛通行证并接过陨石交付委托，即可解锁二之岛的渡轮航线。完成关都地区第七枚道馆徽章的获取是整个剧情的前置门槛，没有完成该环节，即便抵达枯叶市码头，渡轮也不会提供前往七岛的航行选项，很多玩家会在这里卡关，误以为直接通关联盟就能解锁岛屿，实际上一、二、三之岛的相关剧情在击败夏伯之后就可以启动，不需要打完四天王。击败馆主之后，离开红莲道馆，在建筑外侧就能找到正辉，和他对话选择跟随出行，就会自动乘船抵达一之岛，正式进入七岛区域的故事线。
到达一之岛之后，跟随剧情进入宝可梦网络中心，与研究员阿锦进行对话，接过正辉转交的陨石道具，同时获得三岛通行证，这一道具是往返一之岛、二之岛、三之岛的关键凭证，获得之后码头渡轮就会开放对应的目的地选项。拿到通行证与陨石之后，前往一之岛南部码头，和渡轮船长交互，列表中就会出现二之岛，选择之后就可以乘船抵达。抵达二之岛后，首要目标是前往岛上的游戏厅，将陨石交给店内的NPC，交付陨石的同时会触发寻找失踪女孩小迷的支线，这条支线串联起二之岛与三之岛，完成之后还可以拿到月之石奖励，同时解锁岛屿之间自由往返的权限，不需要重复完成前置对话。
完成二之岛主线支线后，还可以解锁不少实用功能，岛上民居内存在招式回忆NPC，消耗大蘑菇或者小蘑菇就可以让宝可梦回忆已经遗忘的技能，北部的房屋还可以给亲密度达标的关都御三家学习专属终极招式，这些福利只有成功开启二之岛任务之后才能够体验。如果出现码头没有二之岛选项的情况，需要回到一之岛再次确认是否完成和阿锦的对话，确认背包内持有三岛通行证，部分跳过对话的操作会导致航线无法正常刷新。
