光遇遗忘方舟的运行方法是从暮土初始地图右侧码头的发光小船坐船进入，完成魔法季向导先祖的六色光芒收集任务，逐步激活方舟场景，解锁魔法工坊实现完整运转，后续可乘船、好友传送两种方式反复进入该区域。
进入遗忘方舟需要先抵达暮土，从遇境传送进入暮土第一张地图之后，不要向着主城门方向前进，转向地图右侧水域飞行，在石柱旁边的岸边找到带有光圈的码头小船，靠近小船触发坐下交互，触发航行动画之后就会直接送入遗忘方舟场景。初次前往建议保证充足的光翼能量，这片沙洲缺少可以快速回复能量的光源，场景内分布大量螃蟹，螃蟹撞击会击落光之翼，飞行时尽量保持高度，减少地面停留，避免光翼意外损耗。已经解锁过该地图之后，除了坐船往返，还可以利用星盘传送，当好友身处遗忘方舟时，直接传送好友位置就能直达，省去往返码头跑图的步骤，适合重复刷资源、做任务的时候使用。
刚抵达的遗忘方舟是残破搁浅的状态，想要让方舟完整运行，需要找到停船处附近的魔法季向导先祖，点击先祖头顶的星星标识接取系列收集任务。整套任务一共需要收集六种不同颜色的灵体光芒，念之灵就在方舟后方废弃农田区域，不需要切换其他地图，触碰红色光芒即可完成收集；剩下的水之灵、风之灵、地之灵、心之灵、火之灵分布在霞谷、云野、禁阁、雨林各个地图当中，每接取一个任务就前往对应地图找到漂浮的光芒，触碰光芒完成收集，收集结束之后返回遗忘方舟找向导先祖提交任务，每提交一次就会解锁下一段任务，方舟场景环境也会随之发生变化，部分沙地会长出植被，船体灯光逐步点亮。
全部六色光芒任务完成之后，遗忘方舟正式完成激活，船头位置的魔法工坊会解锁，这也是方舟运行之后核心功能，工坊可以消耗蜡烛、爱心兑换各类功能魔法，每天还可以领取一次免费随机魔法，身高变换、漂浮、烟花等实用道具都在这里产出。方舟地图本身也带有稳定的烛火点位，船体缝隙、水池周边、平台凹槽都会刷新烛火，跑图的时候可以顺路收集，同时这里会刷新季节蜡烛，也会出现冥想、红石碎片相关的日常任务，是玩家日常经常到访的区域。地图内还藏有光之翼点位，分别分布在大船桅杆旁与后方洞穴当中，完成任务激活场景之后就可以正常拾取，部分魔法季先祖也分布在方舟各处洞穴，点亮之后可以解锁对应的动作与兑换树，丰富地图的游玩价值。
在实际游玩过程中也会遇到小船无法启航的情况，大多是角色没有完全站到光圈内，调整站位重新点击坐下交互就可以正常触发航行。在外出收集灵体光芒的时候，不需要原路跑回暮土，可以利用遇境星盘快速传送回暮土，再坐船回到方舟提交任务，以此节省大量跑图时间。组队游玩时，只需要一名玩家接取任务，同队伙伴跟随触碰光芒同样可以完成任务进度，多人协作可以规避螃蟹的干扰，提升整套任务的完成效率，降低光翼掉落的风险。即便全部任务做完，码头小船依旧可以正常使用，随时可以往返遗忘方舟与暮土主地图，不会出现地图锁死的情况，方便玩家反复回来兑换魔法、收集烛火、完成每日任务。
